Kostel je původem nejstarší budovou v Jihlavě – v románském stylu vznikl ještě před založením města, pravděpodobně ve dvanáctém století. Byl součástí osady při Haberské stezce, která minimálně od jedenáctého století spojovala Kolín se Znojmem, respektive Prahu s Vídní a byla předchůdkyní císařské silnice.
Historie se kolem, i přes Jánský kopeček, převalovala všelijak, od jeho přestaveb, úprav a oprav (pobořili ho například vojáci Jiřího z Poděbrad či Švédové za třicetileté války), přes popravy u něj, hřbitov okolo až po socialistické zahrádky.
Významná historická událost oživená v poslední době ve městě, Jihlavský havířský průvod, má svůj prapůvod v poutích, které chodily od Kostela sv. Jana Křtitele do Kostela sv. Jakuba v centru města. V novodobé historii chodí každoročně havířský průvod na Jánský kopeček, kde se pak odehrávají kulturně společenské aktivity, od mše v kostele, přes divadélka a kejklíře po různé koncerty a performance. Je dané i místem a jeho geniem-loci, že jde o akce velmi příjemné a pohodové. K Jánskému kostelíku je hezké se projít nejenom na svatého Jána, ale i kdykoliv jindy během roku - v okruhu mohutných stromů a soch naleznete klid uprostřed města.
